Yayasan Dharma Susila memiliki tata kelola yang profesional dengan tiga organ utama, yaitu Badan Pembina, Badan Pengurus, dan Badan Pengawas, sesuai dengan ketentuan perundang-undangan Yayasan. Susunan Organ ini diperbarui terakhir berdasarkan Akta Perubahan pada tahun 2021.
A. Badan Pembina
Badan Pembina adalah organ tertinggi yang bertugas menentukan kebijakan umum dan mengawasi jalannya Yayasan. Badan ini diketuai oleh Drs. G.W. Dharmadi, M.Si., didampingi oleh Anggota Pembina, Drs. Ida Bagus Agung, M.T, Pembina bertanggung jawab menetapkan Anggaran Dasar/Rumah Tangga serta menunjuk dan memberhentikan anggota Organ lainnya.
B. Badan Pengurus
Badan Pengurus adalah organ eksekutif yang bertanggung jawab atas pelaksanaan operasional harian Yayasan sesuai dengan kebijakan Pembina. Organ ini dipimpin oleh Ketua Umum, Prof. Dr. Wayan Tuna Artama, dengan dukungan penuh dari Bendahara, Dra. Endah Mawarni S., M.M, yang bertanggung jawab atas pengelolaan aset dan keuangan.
C. Badan Pengawas
Badan Pengawas bertindak sebagai fungsi kontrol internal. Tugas utamanya adalah melakukan pengawasan terhadap kinerja dan pengelolaan Yayasan oleh Badan Pengurus serta memberikan nasihat yang dibutuhkan. Badan Pengawas diketuai I Nyoman Cakranegara, S.H., CN, dan didampingi oleh Anggota Pengawas, Dr. I Ketut Nama, M.Si.
Melalui sinergi ketiga organ ini, Yayasan Dharma Susila berkomitmen untuk mewujudkan visi dan misi secara efektif dan berintegritas.